20 Mart 1943 tarihinde Elâzığ’da doğdu. 1966 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nden mezun oldu ve 1967’de Felsefe dalında doktora öğrenimi yapmak üzere Türkiye Cumhuriyeti Millî Eğitim Bakanlığı tarafından İngiltere’ye gönderildi. Edinburgh Üniversitesi'ndeki doktora çalışmasını 1972’de tamamlayarak yurda döndü ve Atatürk Üniversitesi İslami İlimler Fakültesi’nde felsefe asistanı olarak göreve başladı. 1973-1975 yılları arasında yaptığı askerlik görevini müteakip Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’ne atandı. 1978 yılında Sistematik Felsefe ve Mantık dalında doçent oldu. Kendi kuruluşundaki görevine ek olarak Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesi ile ODTÜ’nin Felsefe bölümlerinde çalıştı. 1984 yılında Dokuz Eylül Üniversitesi İlahiyat Fakültesine Profesör olarak atandı ve 1996-1999 yılları arasında dekanlık yaptı.

Mehmet Aydın’ın din ve felsefe alanlarında (Türkçe, İngilizce, Arapça ve Felemenkçe olarak) kaleme alınmış yazıları bulunmaktadır. Ayrıca yurtçinde ve yurtdışında bulunan çeşitli bilimsel ve akademik kuruluşların üyesidir. Yine uluslararası düzeyde yayın faaliyeti gösteren bazı dergilerin danışma kurulu üyesidir. Ana Hatlarıyla Kant Sonrası Batı Felsefesinde Ahlaki ve Dini Rasyonellik, Kant ve Ameli Aklın Eleştirisi, Kant ve Rasyonel Teolojinin Eleştirisi, Batı Felsefesinde Yeni-Kantçılık, Kant’ın etkileri ve Batı Din-Ahlak Felsefesinde Yeni Yönelişler ve Bugünkü Durum gibi Hristiyanlık ilahiyatını derinlemesine irdelediği yazıları bulunmaktadır.